中华人民共和国连云港出入境检验检疫局海港办事处成立于1999年10月，为连云港检验检疫局的派出机构，副处级建制。下设综合科、检疫科、鉴定科、检验科四个科室及一个区域性医学媒介监测实验室。

办事处主要职能：负责连云港口岸入出境船舶、进出境集装箱、木质包装和铺垫材料等的检疫查验、检疫监管和检疫处理的监管；船舶的卫生监督；出境集装箱的适载性检验和全局进出境集装箱扎口、统计管理；出入境船员、旅客等人员及其携带物检疫查验；船员、旅客携带出入境特殊物品的检疫和监管；出入境尸体、棺柩、骸骨检疫查验；口岸食品（饮用水）生产经营单位、服务行业、出入境货物储存场地的卫生监督管理；集装箱场站、国际航行船舶代理单位备案登记管理；连云港辖区内的木质包装标识加施企业管理与出境核销管理；口岸的媒介生物监测；进出口商品鉴定业务（包括衡器计重、水尺计重、容量计重及残损鉴定等业务）；根据省局授权负责本辖区进出口商品检验鉴定机构的日常监督管理工作；口岸开放前期有关检验检疫准备工作。